Probiotyków nie należy przyjmować razem z antybiotykiem. Powinno się zachować co najmniej 1-2 h odstępu (przyjąć probiotyk przed lub po antybiotyku). Oczywiście są też nieliczne wyjątki, które można brać razem z lekiem przeciwbakteryjnym. Wybierając probiotyk powinno się zwracać uwagę nie tylko na liczbę szczepów bakterii, ale przede wszystkim na ilość bakterii w preparacie (oznaczonych na opakowaniu skrótem CFU). Po skończeniu terapii antybiotykiem warto jeszcze przez kilka dni brać probiotyk w celu odbudowy flory jelitowej.