Najpopularniejsze naturalne probiotyki to kiszonki, a przede wszystkim: 

  • kapusta kiszona i sok z kiszonej kapusty (bogate również w witaminę C),
  • ogórki kiszone,
  • zakwas z buraków ćwikłowych,
  • przetwory mleczne (np. jogurty naturalne, kefiry i maślanki),
  • kwas chlebowy.

W przypadku przetworów mlecznych należy zwrócić uwagę, czy w ich składzie znajdują się bakterie ze szczepów Lactobacillus i Bifidobacterium. Nie powinny natomiast zawierać cukru. Pamiętajmy również, że zawartość szczepów bakterii probiotycznych w żywności jest dużo mniejsza niż w preparatach probiotycznych dostępnych w aptece.